在日本进行9天的自由行，可以规划出多种不同的线路，以体验日本的历史、文化、美食和现代都市生活。以下是几个推荐的线路：
东京-箱根-京都-大阪-奈良-东京
第一天：抵达东京，游览浅草寺、雷门、晴空塔。
第二天：在东京参观皇居、银座购物区、六本木之丘观景台。
第三天：前往箱根，享受温泉酒店，游览箱根神社、箱根绳索道。
第四天：从箱根出发前往京都，参观金阁寺、清水寺。
第五天：在京都继续游览伏见稻荷大社、岚山竹林。
第六天：前往大阪，体验道顿堀的街头美食，游览大阪城公园。
第七天：从大阪出发到奈良，参观东大寺、奈良公园。
第八天：返回东京，自由活动，可以选择购物或参观之前未能看到的景点。
第九天：结束旅程，从东京返回。
北海道札幌-小樽-登别-洞爷湖-札幌
第一天：抵达札幌，游览大通公园、札幌钟楼、狸小路购物街。
第二天：前往小樽，体验运河风情，参观音乐盒博物馆。
第三天：从小樽出发前往登别，享受地狱谷的地热景观和温泉。
第四天：前往洞爷湖，游览湖畔美景，体验露天温泉。
第五天：从洞爷湖返回札幌，途中可游览支笏湖。
第六天：在札幌参观啤酒博物馆，晚上品尝札幌的海鲜料理。
第七天：前往富良野和美瑛，欣赏花田和丘陵的自然风光。
第八天：返回札幌，自由活动，可以选择购物或参观之前未能看到的景点。
第九天：结束旅程，从札幌返回。
九州福冈-熊本-鹿儿岛-宫崎-福冈
第一天：抵达福冈，游览博多运河城、福冈塔。
第二天：前往熊本，参观熊本城、阿苏火山。
第三天：从熊本出发前往鹿儿岛，游览桜岛火山、仙巌园。
第四天：在鹿儿岛继续游览，可以去指宿体验沙蒸温泉。
第五天：前往宫崎，参观青岛神社、高千穗峡。
第六天：在宫崎继续游览，可以去日南市体验水上飞机。
第七天：从宫崎返回福冈，途中可游览饫肥城。
第八天：在福冈自由活动，可以选择购物或参观之前未能看到的景点。
第九天：结束旅程，从福冈返回。
四国德岛-高知-松山-高松-德岛
第一天：抵达德岛，游览眉山缆车、阿波舞会馆。
第二天：前往高知，参观高知城、桂浜。
第三天：在高知继续游览，可以去足摺岬探访四国的最南端。
第四天：前往松山，游览松山城、道後温泉。
第五天：从松山出发前往高松，参观栗林公园、玉藻公园。
第六天：在高松游览，可以去女木岛体验艺术之岛的魅力。
第七天：从高松返回德岛，途中可游览祖谷溪。
第八天：在德岛自由活动，可以选择购物或参观之前未能看到的景点。
第九天：结束旅程，从德岛返回。
这些线路都是根据日本的地理位置和文化特色精心规划的，可以根据个人兴趣和季节进行调整。在规划行程时，还需要考虑交通、住宿和餐饮等实际情况，以确保旅行顺利愉快。