这个要看你的电子签证是什么类别了，马来西亚的电子签字现在有两种Evisa和Entri，两种电子签证的区别是：
Evisa：在线申请，电子签证
①3工作日出签
②签证有效期3个月
③单次入境
④可停留时间不超过30天
⑤无入境口岸限制

Entri：在线申请，电子签证
①3工作日出签
②签证有效期3个月
③单次入境
④可停留时间不超过15天
⑤仅限于中国大陆机场出境且必须直飞通过6个机场，才可以使用。不可通过陆路进入马来西亚。6个机场是：吉隆坡国际机场，槟城国际机场，柔佛士乃国际机场，吉打兰卡国际机场，沙巴哥打京那国际机场，沙捞越古晋国际机场
所以你的电子签如果是EVISA就可以澳门过关，如果是ENTRI就只能国内机场过关。