该作的主要模式还是"故事模式"，玩家可以选用魏、蜀、吴、晋四个势力展开故事。除了传统的故事模式以外，系列一贯的自由模式、画廊模式和教学模式也都将收录，也收录了全新的模式。同时游戏中还加入了新的故事剧本、新的武将和新的事件，力图从前作中不同的且更深入的视点来描绘三国时代的故事。

第一章 洛阳逃脱战 可选人物：曹操夏侯惇，夏侯渊 Flag:不逃走而是击败吕布的话，虎牢关战役吕布台词会有变化

第二章 虎牢关之战 可选人物：夏侯惇，乐进，李典 Flag:无

第三章 兖州之战 可选人物：典韦，乐进，李典 Flag:无

第四章 徐州之战 可选人物：典韦，许诸，曹仁 Flag:迅速打倒陶谦，会开放濮阳之战

第四章 濮阳之战 可选人物：夏侯惇，夏侯渊，乐进 Flag:无

第五章 献帝护卫战 可选人物：曹操想，夏侯渊，李典，徐晃 Flag:无

第六章 宛城之战 可选人物：曹操（立Flag3必选），典韦 Flag：1.救出曹昂曹安民会影响赤壁之战 2.救出曹昂曹安民失败，会开放下邳之战 3.让典韦身还，典韦会在官渡与赤壁登场

第六章 下邳之战 可选人物:夏侯惇，贾诩，郭嘉 Flag:无

第七章 官渡之战 可选人物：曹丕，乐进，郭嘉，典韦 Flag:无

第八章 白狼山之战 可选人物：曹操，张辽，贾诩 flag：1.让郭嘉平安撤退会影响赤壁之战 2.让郭嘉平安撤退，郭嘉会在新野登场 附近的6个据点全清掉

第九章 新野之战 可选人物：夏侯惇，张颌，李典，郭嘉 Flag:在救援曹仁前击破徐庶会影响赤壁之战

第十章 赤壁之战 可选人物：曹操，张辽，许诸，典韦 Flag:满足所有产生影响的条件，会进入IF路线

第十一章 潼关之战 可选人物：王异，夏侯渊，许诸 Flag:无

第十二章 合肥之战 可选人物：张辽，乐进，李典 Flag:无

第十三章 定军山之战 可选人物：夏侯渊，张颌，王异 Flag：击破黄忠拯救夏侯渊，夏侯渊会在樊城登场

第十四章 樊城之战 可选人物：夏侯惇，曹丕，徐晃，夏侯渊 Flag:在庞德败退前将其救出，与庞德同迎胜利

IF第十章 赤壁之战 可选人物：曹操，张辽，许诸，典韦 Flag:满足所有产生影响的条件，会进入IF路线 IF线立Flag关卡：宛城之战，白狼山之战，新野之战

IF第十一章 建业压制战 可选人物：张辽，典韦，张颌，蔡文姬 Flag:让主降派5人降服，许昌不会出现敌人增援

IF第十二章 许昌政变战 可选人物：曹丕，甄密，夏侯惇，夏侯渊 Flag:无

IF第十三章 南郡追击战 可选人物：郭嘉，彭德，王异 Flag:无 小地图，左上方向继续追刘备

IF第十四章 白帝城之战 可选人物：曹操，曹丕，夏侯惇，夏侯渊 Flag:无