海南州司法局的机构设置包含五个核心职能科室，分别是：办公室、宣教科（同时挂有依法治州工作海南州司法局领导小组办公室的牌子）、律师公证管理科、基层科以及法律援助中心。

目前，该局共有17名司法工作人员。其中，大学学历的有3人，占总数的约18%；大专学历的人员比例为47%；中专学历的占24%。在年龄结构上，35岁以下的工作人员有7人，占总人数的41%；36至45岁的占53%；而46岁以上的仅有1人，占6%。在编制方面，海南州司法局的编制总数为15人，包括：局长1名，副局长2名，以及科级职位的5个。