阴阳寮的职务体系由四部官组成，分别是：

• 长官：阴阳头，负责阴阳寮的全面管理，官品为五位下。


• 次官：阴阳助与阴阳权助，同为副职，官品均为六位上，前者主要辅助阴阳头，后者则有代理职责。


• 判官：阴阳大允，负责寮内出勤、值夜以及文书审查与补充，官品为七位上，有阴阳少允作为副手。


• 主典：阴阳大属和阴阳少属，前者负责文书处理与管理，官品为八位下，后者作为副手，官品为大初位上。

在阴阳寮的专业领域，有阴阳道、天文道、历道和漏刻道。每个领域设有博士，如阴阳博士负责技术教育，官品正七位下，有阴阳权博士作为副手。阴阳师和得业生则是阴阳师职位的候选者。天文博士负责天文技术教育，天文得业生是优秀学生；历博士管理历法，历得业生亦然；漏刻博士则管理时刻，有漏刻权博士作为高级别助手。

下级职员包括使部和直丁，使部主要担任杂役，由六位至八位下级役人的嫡子担任，能力评估为下等者可任职。直丁同样负责杂役工作。

阴阳寮，日本天武天皇时期，阴阳师所隶属的官方机构“阴阳寮”（おんみょうりょう）正式成立。隶属于左弁官局之中务省，阴阳寮设长官“阴阳头”一人，阴阳博士、天文博士、历法博士各一人，漏刻博士两人及阴阳师六人。其主要职责是负责天文、历法的制订，并判断祥瑞灾异，勘定地相、风水，举行祭仪等，可支配人员计有89名。阴阳道至此成为律法制度的一部分，谁控制了“阴阳寮”就等于握有诠释一切的能力。阴阳道成了天皇的御用之学。