本文介绍的方法都是基于Extended Haplotype Homozygosity (EHH)概念，由SABETI 等人在 2002年提出。简单来说，根据selective sweep的概念，一个位点周围的位点如果多样性越低，就越有可能是因为selective sweep留下的选择印迹。

这里有三篇介绍selective sweep的文章，讲得很好：
https://www.icode9.com/content-4-803828.html
https://www.plob.org/article/2345.html
https://www.jianshu.com/p/82719840ec4a

rehh tutorial：
https://cran.r-project.org/web/packages/rehh/vignettes/rehh.html#computing-ihs-rsb-and-xp-ehh

有很多衍生的统计量：EHH（Extended Haplotype Homozygosity）、iHS（Integrated Haplotype Score） 、XP-EHH（Cross Population Extended Haplotype Homozogysity）、RSB

rehh、selscan和hapbin都是基于EHH及其衍生概念的
Hapbin可以看这篇（但是hapbin无法处理缺失位点，不建议用）：
使用Hapbin基于EHH、iHS、XP-EHH方法检测基因组中的选择信号

前提：染色体要有重组！Y和W染色体不能用这种方法

本文只写两个群体之间的单倍型选择信号检测，单个群体内部的不写，但是rehh也可以做，很方便

rehh是一个R包

第一列个体名，后面每一列一个SNP。跟reference一样的就是0，第一种不一样的就是1，第二种不一样的就是2，以此类推。比如ref是G，那假设SNPs中还有T和A两个等位基因，就分别标为1和2。缺失值可以用[NA]或者[.]。每个群体一个文件。

第一列SNP名称，随便起。第二列染色体名称。第三列染色体上的位点。第四列是major allele，一般就是0。第五列是minor allele，有一个1就填1，有1和2就填1,2。如图。两个群体用同一个文件就行。

注意，如果有好几条染色体，每条染色体要分别产生这两个文件，每条染色体分别跑。

rehh:单倍体\/单倍型群体间选择信号分析(基于selective sweep...
本文介绍的方法都是基于Extended Haplotype Homozygosity (EHH)概念，由SABETI 等人在 2002年提出。简单来说，根据selective sweep的概念，一个位点周围的位点如果多样性越低，就越有可能是因为selective sweep留下的选择印迹。这里有三篇介绍selective sweep的文章，讲得很好： https:\/\/www.icode9.com\/c...

群体遗传分析方法:LD,FST,eQTL
LD(连锁不平衡):计算使用plink, FST(遗传分化指数):计算使用vcftools,可视化分为箱线图和散点图，单组比较使用在染色体上的散点图，多组比较使用箱线图。 FST的原理，计算方法，可视化的方法 https:\/\/www.jianshu.com\/p\/bb0beec0ed63 haploPS和XP-EHH 平均测序深度： 等位基因...

群体选择信号分析
2.检测受选择基因组区域:与有利突变紧密连锁的中性位点会由于选择作用在基因组上形成高频率的核心单倍型,以其为中心向基因组两侧扩展会形成长范围的扩展单倍型。然而随着与有利突变间距的增加,连锁不平衡程度会相应衰减,在一定范围内各扩展单倍型纯合的总和占核心单倍型纯合的比例可以被用来检测基因组范围内的选择作用。