如何解读肿瘤基因检测报告
如何评价WeGene上线的新版基因检测报告
1、哪些人需要做基因检测？
基因检测对受检者的年龄和身体状况没有任何要求。对疾病项目的选择，可遵循以下几点原则：
a、有疾病家族史的人重点选择家族史疾病，了解相关疾病的患病风险，及早做针对性预防。 但不仅限于家族史疾病，我们罹患疾病，往往就是因为我们对疾病的忽视。
b、生活习惯不规律，或有吸烟、酗酒等不良生活习惯的人需要重点关注肿瘤、心脑血管类疾病；
c、对新生儿进行基因检测，将帮助父母从小培养有针对性的生活习惯，避免或延缓疾病的发生，一次检测终生受益；
d、已发生疾病的人接受基因检测，可以辅助疾病治疗，及明确并发症的预防；
e、父母、兄弟姐妹和孩子和我们的基因型相近，但并不相同。因此，个人的基因检测结果仅限对个人健康管理做指导。
2、基因检测的安全性？
基因检测所需的检测样本为血液。受检者在正规医疗机构由护士采用一次性采血器材抽取6-8毫升静脉血即可完成采样。整个过程不会对我们的身体造成任何损伤。
在个人隐私方面，正规机构将设置完整的保密体系来保障受检者的信息安全。如生物芯片北京国家工程研究中心提供的爱身谱个体遗传检测服务，从登记受检开始就为受检者做身份加密，包括：客户识别码、采血器材的编码、报告加密、网上阅读密码函、阅读修改权限设定、电子数据信息几率、电子签名及数据库维护加密等多重保障。
3、基因检测的流程
①客户登记：受检者填写《知情同意书》和《信息登记表》，交由基因检测机构建立健康档案。
②采集样本：通常为血液样本，无特殊要求，不需要空腹。样本采集由专业医疗机构完成。
③基因检测机构在收到样品后，将会完成样本检测、结果分析、报告编制的工作。并将检测报告交付受检者。
④报告解读：在客户收到报告后，检测机构将提供报告解读，并根据基因检测结果在合理饮食、适当的运动方式、良好的心理状态、社会环境、定向定期体检、安全用药和针对性就医等诸多方面提供个性化健康生活指导建议。
4、基因检测之后我们该怎么办？
①心理解压：基因检测能提示受检者罹患某种疾病的风险，但并不能决定他未来的健康状态。高风险，表示受检者比普通人的患病几率高，但什么时候发病，以及病情的发展还依赖于环境和生活习惯等。因此，一旦检测出较高的疾病风险不要惊慌。专业机构将给出针对性的建议，有效指导避免或延缓疾病的发生。
②加强健康管理意识：基因检测显示低度疾病风险表示受检者患病风险较小，但并不完全排除患病的可能。因此仍需加强健康管理意识，避免疾病发生。
③遵循专业性的健康指导。肿瘤、心脑血管疾病等重大疾病的发生是疾病易感基因与长期生活习惯、外界因素共同作用的结果，对于专业机构给出的指导需要坚持遵循，而非浅尝辄止。
染色体核型分析也经常被称为染色体检查，是一种用于检测染色体疾病的遗传学检查。我们的染色体核型报告附有完整的核型图像和描述。对你来说，最重要的是看懂“染色体核型”一栏中的结果。虽然我们会在染色体核型报告中写一个简单的核型说明，以表明你的染色体核型是否正常。但是，很多人依然对这些简单的描述感觉不够理解。也经常有人拿着报告到门诊只为确认自己的报告是否正常。因此，这里对如何阅读染色体核型分析报告做一个更详细一些的解释。
上图是我们的染色体核型报告样张。最上方是信息区域，请核对姓名、性别等信息是否有错。如发现信息错误请及时与我们联系。中间是一幅完整的染色体核型图。对一张染色体报告来说，最重要的是染色体核型结论。为了方便理解，我们将染色体核型结果大致分成三种类型。
1、正常染色体核型
正常男性染色体核型为：46, XY
正常女性染色体核型为：46, XX
如果你的染色体报告显示的是以上两种核型，且你的性别与染色体核型相符，那么你的染色体就是完全正常的。
2、染色体变异（染色体多态性）
染色体变异（variation）也经常被称为染色体多态性。各种染色体变异在人群中发生的总频率大约在10%-15%左右。染色体变异虽然看起来是和正常核型不一样，但是它们并没有实际的临床意义。因此，染色体变异可以被看成是正常的染色体，它们对个人健康无害，也不会影响生育后代。
染色体变异可以被分成很多种，常见的有异染色质长度和位置变异，以及随体与随体柄区域的变异。你可能看到的报告形式往往好似以下形式：
46, XY, 9qh+
46, XX, 21pstk+
46, XY, inv(9)(p11q12)
46, XY, Yqh+
以上只是一些示例，事实上染色体变异的形式是很多的。要知道自己的染色体是否属于变异染色体，最简单的方法是在我们报告的结果说明上看一看是否有“染色体多态性”这个判断。如果你的染色体核型属于“多态性”，那么你就可以完全放心，因为这等同于正常染色体。
如果你想进一步了解关于染色体变异（染色体多态性）的知识，那么可以深入阅读我们的染色体变异专题。
3、异常染色体核型
一般来说，除了上述两种情况以外，其他类型的染色体核型多少都有些异常。通常你可能看到的染色体异常核型好似以下形式：
47, XX, +21
46, XY, t (1; 5) (q32; p13)
46, XY, inv (2) (p21q23)
45, XX, der (13; 21) (q10; q10)
当然，异常染色体的形式非常多。同样，要知道自己染色体是否属于异常的最简单方法是看一看结果说明中是否有“核型异常”这一描述。
如果你的染色体异常，建议到我们的遗传咨询门诊就诊。如果你想详细了解关于染色体异常的知识，可以阅读我们的染色体异常专题。部分常见的异常染色体核型可以通过下面的链接了解基本情况。
47, XY, +21 （唐氏综合征）
47, XXY （Klinefelter综合征，克氏征）
45, X （Turner综合征）
47, XXX
最后，有一个问题需要额外提醒。很多人对于染色体报告中最后一句话不理解：不能排除染色体微小结构改变及低比例的异常嵌合存在。这是什么意思？那我的染色体到底正常不正常？
简单来说，这是一句“官方描述”，不是说你的染色体异常，而是说明染色体核型分析的局限性。染色体核型分析只能检测染色体数目异常与大片段结构异常，无法检出微结构异常，对于低比例的嵌合染色体核型分析也可能会漏检。因此，这句话对你的报告没有任何实际影响。
我们以某基因检测公司的报告为例，通过报告解读来讲解基因检测报告中到底在说什么。
1、报告结构
报告从结构上可以分为很多个部分，首先是报告的基本信息，然后是用药提示这一部分，通过用药提示我们可以对整个报告所有的结果有一个认识，所有的重要结果都可以从用药提示里看到，然后用药提示分为两部分，一个是靶向用药提示，第二个是化疗用药提示。然后再下面的一部分是一个变异检测结果，意思就是说是在患者血液的ctDNA检测到的所有结果都在这里面，如果有基因拷贝数变异的话，它也在拷贝数变异检测结果里头。
再接下去的一页，是目前NCCN指南推荐的检查，我们把这些靶向药物和对应的基因检测结果整理出来，方便临床大夫看到结果。但实际上，我们检测的，要比这些列举的多很多。再后面的话就是靶向药物解析结果，其中这个又分成了很多个部分，首先第一个大表格提示敏感的靶向药物，接下来是提示耐药和无效的靶向药物。如果发现耐药的基因位点，会在这个表格里面写明。最后一部分，是研究结论不一致的靶向药物，这个是有的文献支持某个基因突变对靶向药物敏感，有的文献则不支持，对于这部分结果我们放到哪里。再后面是化疗药物解析，这一般会有2-3页。
最后面是报告的参考文献，即判断靶向药物的敏感和耐药所引用的参考文献，以及一些临床实验的列表。最后把我们检测的基因，以及我们检测所涉及的一些局限性也放到这里了。
图1
2、变异检测结果
如下图，我们可以看到这份报告的检测结果，总共有十二行。每一行代表一个基因的一种突变，最前面是基因的名字。第二列是基因的碱基改变，DNA的变化，第三列是氨基酸的改变，最后一列是突变频率，由于正常细胞也会裂解释放DNA，ctDNA里不只是肿瘤细胞的DNA，突变频率指的是检测到的肿瘤的突变占所有的DNA中这个基因位点的频率，突变频率越高，表明肿瘤细胞占的百分比就越大。
图2
在这个病人的样本，我们可以看到，第一行的EGFR基因的19外显子缺失突变，占到了51.9%，这个突变是个对靶向药物敏感的突变，在这里它还是存在的。理论上患者对特罗凯耐药了，为何它还存在，这个在第三行大家可以看到T790M存在，而且突变频率也很高，有32.5%，对于第一代和第二代耐药最常见的原因就是T790M，大约有50%是这个突变导致的耐药，好消息是刚批准的9291是可以控制T790M突变导致的耐药。但是这个患者也用了9291，但是耐药并且进展。大家往下看报告，可以看到EGFR基因的C797S，这个突变会导致T790M耐药，这个突变频率有18.4%，也是很高的。从这几个突变位点，可以部分解释了患者对目前靶向药物的不敏感的原因，另外我们还通过二代测序检测到了其他耐药原因，即患者在EGFR基因、HER2基因存在拷贝数扩增，从血液里检测出拷贝数扩增，这是很不容易的，一般检测到的是基因的点突变。同时存在EGFR和HER2扩增也是会导致患者对EGFR-TKI耐药。通过这么多不同原因，如T790M和C797S突变，EGFR、HER2扩增，我们可以大致了解患者究竟是什么原因导致了耐药，下一步我们就会希望了解，究竟是有什么样的治疗方案呢。
图3
对于其他的基因突变，如TP53，突变频率也很高有36.7%，或者第四行，RB1基因，突变频率有20.5%，这也是很高的。当然下面还有突变频率较为低的突变，但是这些并没有在第一页展示出来。这是因为虽然这些基因突变了，但是没有针对这些突变的靶向药物存在。所以，希望大家理解的是，虽然能找到基因突变，但是不是所有的基因突变有对应的靶向药物，即找到基因突变，并不是意味着一定会有对应的靶向药物，这是很重要的一点。
重复图2
如RB1基因是一个失活突变，这个基因失活会导致对帕博西林的耐药，但是由于帕博西林这个药并没有在FDA批准到肺癌里面，所以我们没有在报告里放这个，但是我们会在与患者沟通时阐释这个结果。大家看到ROS1、ALK基因也有突变，但是虽然有突变，但是这个突变没有在很重要的位置，不影响蛋白的功能，也不适合用对应的靶向药物进行治疗。一般而言，首先我们要把基因突变给检测出来，然后我们会判断这个基因突变是否影响了蛋白的功能。只有真正影响了基因的功能，失活或者持续活化，这样的情况下，靶向药物一般才能起到一定的抑制作用，也才能判断一个患者是不是适合用相对应的靶向药物。
3、用药提示
接下来我们回到靶向药物提示这里。在这里我们会标明推荐的靶向药物，不推荐的靶向药物，这里的推荐和不推荐的依据是基因的突变类型，如果是矛盾的结果，即有的文献提示敏感，有的文献提示耐药，则放到最后一列，即有争议的结果里面。我们可以看到EGFR的变异分为五行，第一行是最开始就有的19外显子缺失，第二行是T790M突变，第三行和第四行是导致T790M耐药的C797S突变，最后一行是EGFR的拷贝数扩增。从这里可以看到，虽然是同样的EGFR基因，不同的位点的突变对应的药物疗效是不一样的。如第一行的外显子19缺失是提示对吉非替尼等敏感，我们将其放入第四列。同样T790M突变，提示对吉非替尼等耐药，我们将其放入耐药的那一列。同理C797S突变，提示对T790M突变耐药。EGFR扩增也预示对应西妥昔单抗和帕尼单抗药物敏感，但是EGFR基因扩增对应吉非替尼等药物的疗效目前存在争议，有文献说EGFR扩增对于TKI药物仍旧是敏感的，但有的文献说二者没有关系，所以我们将其放入最后一列——研究结果存在争议。
图4
对于Her2拷贝数增加，有曲妥珠单抗，拉帕替尼等是有效的。但是根据文献来说，这些药物有的说有效，有的则报道无效，对于这些结果我们都放入研究结论不一致里面。
所以，我们一般会综合患者的基因检测结果，最后进行判断哪些药物是推荐的，哪些是不推荐的。所以大家可以从这里看出来，我们最终推荐的是西妥昔单抗和帕尼单抗。而对于正在用的9291并没有推荐，因为出现了耐药的突变，这与临床上的结果，即患者正在使用9291但是病情进展的结果是相一致的。
但是虽然我们推荐了西妥昔单抗和帕尼单抗，但是患者还存在Her2扩增，所以对于患者使用我们推荐的药物后，效果究竟怎样，也是不好说的。这种情况下，一般是根据患者之前的治疗经过，副反应等进行综合考虑，并跟患者沟通其治疗过程，再进行权衡判断。也是说到为何我们给患者推荐了西妥昔单抗，还是不敢肯定结果如何。就是因为患者的其他基因突变，即携带T790M和C797S突变的癌细胞对于西妥昔单抗是不敏感的。这也是靶向药物很大的一个缺陷，即只能杀灭一定靶点的癌细胞，对于其他的靶点它是无能为力的。
回到这个患者的情况，我们查文献发现，有患者同样是存在EGFR扩增和Her2扩增，这部分患者使用了西妥昔单抗加拉帕替尼后，有一定的效果。在这个研究中，有18个患者，3个部分缓解，9个患者疾病稳定，83%的临床获益。只是不同的是，那些患者没有EGFR的外显子19缺失，没有T790M突变，所以究竟患者使用了这些药物后效果如何，我们还没有这方面的报道。
如果患者的身体状态较好的情况下，还可以推荐使用化疗。说到化疗，我们在第二部分有个化疗药物的提示，对于化疗药物提示，我们推荐力度不像是靶向药物那么大。这里头有很主要的原因是，第一是化疗药物解析方面，能找到的疗效证据是来自于人群的研究。也就是说化疗药物的敏感性，是基于两个人群，如A人群的基因型是A，B人群的基因型是B，如果A人群的化疗药物效果好，就归纳为A型基因对化疗药物效果好，但这是人群的平均结果，如果是归纳到单个人上，这个支持力度就有限了。另外一个原因，靶向药物是反映肿瘤细胞的基因突变，而化疗药物是查的白细胞的基因多态性，对化疗药物敏感性的结果都是来自白细胞的突变。我们用正常细胞的基因突变去预测化疗药物作用于肿瘤细胞的疗效，这个指导意义是很受限的，但如果我们用正常细胞的基因突变去预测化疗药物的毒副作用，这个结果会好一些。即对于化疗药物的疗效，其实要根据临床实际来决定来的，即只有在有两种化疗药物供选择的情况下，再参考化疗药物毒副作用、敏感性结果。
图5
这个患者之前用过的化疗方案，如果效果很好情况下，可以尝试化疗。如何患者身体条件很好的情况下，可以做下化疗。这些化疗药物敏感性的检测结果要根据临床的肝肾功能、身体状况来决定的。最后小结，患者查到很多基因突变，但是很多基因突变没有靶向药物。在EGFR基因存在很多突变，突变类型很复杂，除了有外显子19之外，还有T790M，以及C797S。同时还有EGFR和Her2的扩增，这也可能是其对EGFR-TKI耐药的原因。经过这个综合检测、综合的分析后，我们认为患者适合的靶向药物是西妥昔单抗和拉帕替尼这样的治疗。如身体状态较好，可以进行化疗，即一种靶向药物并不能清除所有的癌细胞。这里把这个中间的逻辑尽可能讲清楚了，具体到某个突变使用某个药物，具体解析可见靶向药物解析那个表格里面，对于每个突变进行文献查找，最后进行综合分析。
图6
这个患者是2011年6月发现肺腺癌，发现时没有了手术机会，使用了标准的化疗方案，后来骨转移，做了放疗。后来发现EGFR的L858R突变，使用特罗凯效果很好。后面特罗凯耐药后使用2992，2个月后换用了特罗凯加卡博替尼，还是出现了进展，想通过基因检测看看为何是耐药了，寻找下一步的治疗方案。
图7
在变异检出的那一页，可以看到EGFR的突变是L858R，突变频率是2.4%，另外一个是TP53的错义突变，频率是1.8%。从患者的基因突变结果来看，只是找到了EGFR的突变，频率也不是很低。但是没有T790M、MET扩增、EGFR扩增等耐药的突变都没有检测到。由于患者之前的EGFR的敏感突变还存在，所以我们还是推荐患者使用EGFR-TKI这么一种药物。从这里也可以看出来，真正用药时还是要结合临床实际来的。
图8
但是患者已经是特罗凯耐药了，加184效果也不好，究竟是什么原因导致的耐药呢，我们查了很多文献，其实也没有查到真正耐药的原因。这种情况的概率是30-40%，即从基因突变的角度找不到耐药的原因。这里有个可能的原因是， 我们检测了52个基因，其他的没有包含在内的基因发生了突变，导致了耐药。由于这些突变目前没有对应的靶向药物，所以我们没有着重去检测他们。也有一种可能，即我们对EGFR耐药突变了解还不充分。即我们全球在EGFR基因耐药的认识还有一些偏差，所以有30-40%的病人是找不到耐药原因的。
图9
虽然找不到原因，从结果上看，由于敏感突变存在，所以患者还需要特罗凯去控制，即携带这些敏感突变的癌细胞可能具有很强的生长优势，如果不使用药物把他们给控制住，可能就会导致这部分癌细胞失控。另外一个，是患者使用阿法替尼，即希望去控制Her2扩增，效果不是很理想，可能患者体内没有Her2扩增，可能效果未必会比特罗凯好。现在加用卡博替尼，即针对MET扩增靶点并没有在基因检测中被检测到，可能这也并不是最合适的选择。但卡博替尼还有个VEGFR靶点，有一定抑制血管生成的作用，所以联用这两个靶向药物是有一定道理的。
对于这个报告，我们最想了解的是特罗凯加卡博替尼的治疗效果是不是很好，如果不是很理想，则可以使用抗血管生成抑制剂这样的药物。对于血管生成抑制剂药物，如果我们基因检测发现VEGFR扩增我们会给出提示，但没有DNA水平扩增，但是患者也可能是VEGFR高表达，如果这样使用抗血管生成药物会效果较好。我们比较了几种肺癌常用的血管生成抑制剂，一个是贝伐单抗，一个是凡德他尼，凡德他尼既有EGFR靶点还有VEGFR靶点，临床数据提示凡德他尼和化疗联用的数据也很不错，所以如果患者特罗凯和卡博替尼联用效果不好，倒是可以使用贝伐单抗。如果患者身体条件可以，也可以使用一段时间的化疗，看是否可以把敏感的和不敏感的癌细胞给清除掉。
对于这个案例总结是虽然患者对EGFR-TKI耐药，但是耐药机制不是T790M或MET扩增导致的，所以治疗上不能按照常规的一代耐药换二代，二代耐药换三代。应该考虑特罗凯加卡博替尼治疗效果，如果不是很理想，可以考虑使用贝伐单抗或凡德他尼这样的药物来治疗。如果身体准许条件下，可以进行化疗，即有研究表明化疗一段时间后，之前耐药的靶向药物可能会变得重新敏感。从这个案例可以看出，对于EGFR-TKI的耐药机制也不是100%的了解，对于一些案例可能很好地解释了什么药物合适，什么药物不合适。但是对于另外一些案例，可能查了半天，并不能给出很清晰的结论，用那种药物合适。要解决这个问题，我们能够做的也就是紧跟国内外的研究进展，如果有进展则纳入我们的知识体系当中，希望能解决越来越多的问题。这也是一个基因测序公司需要不断地查阅文献，累积相应的数据库。
编者：id4hehe
关注我们：搜索微信公众号“癌度”，了解更多关于肿瘤和基因的资讯。
转载文章请注明来源公众号及作者
如何读懂一份肿瘤基因检测报告?(上)
报告通常包括以下几部分：患者基本信息、检测结果和解析、质量控制。在检测结果和解析部分，你需要关注的有靶向用药解析、免疫治疗解析、化疗用药提示和遗传分析。报告中会根据循证医学证据推荐相应的靶向药物，对于免疫治疗，会根据PD-L1、MSI和TMB等指标提供指导。遗传分析部分对于与遗传相关的肿瘤尤为重要。...
如何解读肿瘤基因检测报告
我们以某基因检测公司的报告为例,通过报告解读来讲解基因检测报告中到底在说什么。 1、报告结构 报告从结构上可以分为很多个部分,首先是报告的基本信息,然后是用药提示这一部分,通过用药提示我们可以对整个报告所有的结果有一个认识,所有的重要结果都可以从用药提示里看到,然后用药提示分为两部分,一个是靶向用药提示,...
怎样看懂一份基因检测报告:报告解读常见问题答疑
7. 产品覆盖范围：特定产品可能仅针对特定癌种的遗传性肿瘤基因检测，对于覆盖范围外的其他癌种，建议增加对应基因检测。8. 神经内分泌分化基因的提示作用：总结权威研究，明确神经内分泌分化相关的基因突变与前列腺癌的临床意义，报告中将据此判定。9. 报告解读的个性化：尿路上皮癌报告内容因分期不同而有...
肺癌,教你如何读懂基因检测报告
首先，报告会明确指出患者为肺癌，样本来源包括组织与血浆。组织检测因其高准确度而被优先选择。报告也会列出检测的基因总数，以及检测结果的简要总结。关键信息 报告中的关键信息包括“l类变异（具有A级或B级证据）”和“Ⅱ类变异（具有C级或D级证据）”。这有助于快速了解报告的主要发现。检测结果 主要...
一文了解基因检测结果怎么看:变异等级、证据等级、丰度及潜在获益药物...
患者在选择治疗方案时，需与医生充分沟通，依据个人情况制定个性化的治疗路径。每个基因检测报告都是个性化的地图，它揭示了疾病在分子层面的细节。然而，理解这些信息需要专业的解读和医生的指导，因为每个变异的解读都可能影响到个体的治疗策略。请记住，以上的解读仅供参考，最终的医疗决策始终应基于医生的专业...
如何看懂厚厚的基因检测报告
3 变异解读 这部分详细说明检测到的每一个变异，包括基因的功能、变异的影响、临床意义、对应药物的研发和批准情况等。4 样本质控 质控不通过的报告无法进行检测，这部分可以略过。5 附录\/说明 附录通常包含基因列表、参考文献、已批准药物信息和检测局限性说明等。至此，您已经学会了如何阅读基因检测报告...
基因检测报告解读
在NGS检测报告中，肿瘤突变负荷（TMB）和微卫星不稳定性（MSI）是免疫部分比较重要的内容，TMB的定义是肿瘤基因组中平均每百万个碱基（1Mb）范围内所含非同义体细胞突变的数量。研究表明高TMB，MSI-H患者更容易从免疫治疗中获益。但在实际算法中，TMB计算不仅是简单的数个数，Panel的大小，突变过滤的条件...
一文了解基因检测结果怎么看:变异等级、证据等级、丰度及潜在获益药物...
- 突变丰度：指突变基因在肿瘤细胞中的比例，反映突变在肿瘤中的分布。- 潜在获益药物：基因突变可能对应特定靶向药物，这些药物旨在精确治疗。5. 患者应与医生沟通，依据个人检测结果制定个性化治疗方案。6. 基因检测报告是揭示疾病分子细节的个性化地图，但需专业解读和医生指导。7. 最终医疗决策应结合医生...
怎样看懂一份基因检测报告:报告解读常用数据库
怎样看懂一份基因检测报告 随着人类基因组中大量变异的不断发现，这些变异已被众多数据库广泛收录。在出具报告时，我们可以在已有的数据库及发表的文献中找到有价值的参考信息。根据数据库包含的内容，可以将这些数据库分为人群数据库、疾病数据库、表型数据库、序列数据库、肿瘤数据库及其他常用数据库。下面...
怎样看懂一份基因检测报告:报告解读常用数据库
便于理解基因在基因组中的位置和功能。肿瘤领域的数据库，如OncoKB和COSMIC，它们关注的是肿瘤的分子变异和相关研究，为癌症的精准医学提供了宝贵的资料。通过这些数据库的综合运用，基因检测报告的解读不再是晦涩难懂的密码，而是转化为我们可以理解的科学语言，帮助我们更好地理解个人的遗传特征和潜在风险。