大多数科研文章都离不开图表,尤其是图,熟悉一些绘图软件,并将图在文章和PPT中展示出来,是科研训练的重要内容。漂亮的文章配图能给自己的工作加不少分,生信宝典推出R的系列教程ggplot2高效实用指南(可视化脚本、工具、套路、配色)讲解通过R语言绘制高颜值图。后来为了更加方便使用,生信宝典团队开发了在线绘图工具,支持14中常见图形和部分扩增子分析,深受欢迎,日均访问400次,累计访问数十万次,遍及世界各大洲,功能也在一直增加完善中。

后台不少朋友说有更多绘图的需求,故整理了

Graphpad

的使用,一是传播知识,二是向优秀软件学习,让在线绘图越来越好。

Graphpad,Origin和SigmaPlot

是科研领常用的三款统计作图软件,他们各有优缺点,经常需要配合使用。

今天给大家介绍的是Graphpad的基本使用方法

下面是Graphpad的欢迎界面

从

方框1

处可知GraphpadPrism6为用户提供了

6种

基本统计图表选择;

方框2

处是对所选类型图表的解释说明,点击Learnmore查看官方帮助文档;

方框3

处可以选择某一类型图表下的小分类;

方框4

处则提供了演示数据集,方便新手入门。

6种统计图表类型的说明和使用的统计方法介绍如下:

在此选择grouped下提供的第二个现成数据集进行作图演示。选好后直接点击creat即可。

上一步之后我们便进入了graphpad操作的主界面,

方框1

处展示的是我们的数据,每个大组表示三种不同的细胞系(wild-typecells、GPP5cellline和GPP7cellline);每行表示不同的处理(血清饥饿和正常培养);每组5个平行重复。

该实验数据存在缺失值,如第一行的A:Y4。

方框2

处是一个

目录树

导入数据后,点击Graphs即可出图,如下:

在这个界面中,可以根据自己的需求改变图的类型。初学者要敢于

乱点

,自己试试不同的选项,就能知道每部分是什么功能了。(尝试出真知)

上面初步作出的统计图并没有展示诸如组间差异的统计分析结果,那我们要怎么添加*以展示组间差异呢?

在欢迎界面有enterandploterrorvaluesalreadycalculatedelsewhere选项,说明可以从外部导入在别处做好的统计分析结果,那是要去其他地方做好计算再来作图吗?

不需要!因为Graphpad上便可直接做统计分析!!!虽然可以在别的地方先做好分析,但是并不建议这样做,直接一个操作更便捷。

首先确定我们的分析目标:

1)评估细胞系之间的差异是否超过预期;

2)评估处理之间的差异是否超过预期的偶然性;

3)评估处理之间的差异是否与每种细胞系一致;

4)计算不同处理的细胞系之间差异的95%置信区间。

因此我们需要进行

两因素的方差分析

,点击Analyze,从Grouped分析列表中选择Two-wayANOVA,并接受对话框中的所有默认选项。Graphpad人性化之处在于,会自动识别当前分析的数据结构,给用户展示出最优的默认分析选项。

之后的具体分析便需要一定的统计学知识了,初生牛犊别怕试,你会发现点击不同的选项时,图示也会跟着变化,十分方便用户理解。

1)第一部分:实验设计,最开始提到了该组数据是非配对的,选第一;

2)第二部分:多重比较选择,就是你想要横着比还是竖着比或是斜着比;

3)第三部分:选择做统计分析的一些参数。

上面都设置好后,点击OK,分析结果会展示到操作主界面,并且保存到左侧目录树下的Results文件夹中。

1.图形编辑工具栏介绍

1)第一部分:文档操作模块,跟office类似,如打开、新建、保存、复制粘贴等;

2)第二部分:数据分析,即之前演示的对录入数据进行统计分析;

3)第三部分:图形编辑,这部分是该软件的精华所在。可对图形进行例如图形类型、坐标轴、误差棒、图形大小、颜色等编辑更改;

4)第四部分:文字编辑,可以在统计图上插图线条、添加文字等;

5)第五部分:图形输出,可将做好的图导出、打印或输出到word/PPT中。

2.根据之前的统计分析结果,利用文字编辑工具给统计图添上组间差异的标志

1)draw:可以插入不同形状的线;

2)write:编辑文字,插入公式等;

3)双击图形中的任一元素,可对文字、线条等进行形状、大小、粗细等编辑

3.坐标轴调整

点击Change中的

第二个图标

,或者在图中

双击坐标轴

,调出坐标调整工具;

坐标轴整体设置和X轴设置,见图解,一般不做太多改动;

重点讲解如何设置Y轴,做出

截断图

,这是统计作图中常见的问题。

之前的数据相差不大,不太适合做演示,故另外生成了一个柱状图。左边柱子值太大,右边柱子值太小,右侧的柱子几乎消失了,使图看起来很不协调。做一个

截断图

可以很好地解决该问题。

1)点击坐标设置中的LeftYaxis(一般作图默认只生成左边的Y轴);

2)GapsandDirection处选择Twosegments,即将Y轴断裂成两部分(根据实际数据,还可以选择将Y轴断裂成3段);

3)在Segment处,对下段(Bottom)和上段(Top)的Y轴分别设置参数(Rang);

4)然后在Regularlyspacedticks下的Majorticksinterval处设置Y轴数值标签;

length:50%,上下段的长度各一半;

minimum:下段最小值0,上段最小值150;

maximum:下段最大值10,上段最大值200;

Majorticks:下段每格大小为2,上段每格大小为10。

这样便将Y轴10-150中间部分截掉了,整个图便显得好看多了。

4.颜色修改

点击Change中的

最后一个图标

,或者在图中

双击柱子

,调出调整参数的工具框;

利用graphpad做统计图的基本操作大概就是以上这些内容,掌握一个工具的使用方法并不难,多试试便会了。难的是背后的统计学知识,如何对自己的数据选择合适的统计分析方法?当掌握不同分析方法适用于哪些数据结构后,便可以举一反三,对不同实验设计的数据做合适的分析了。

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